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So installierst du OpenMRS (Open Medical Record System) unter Debian 11

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OpenMRS steht für „Open Medical Record System“ und ist ein kostenloses, quelloffenes und effizientes System zur Speicherung und Abfrage von elektronischen Krankenakten (EMR). Es wird für die Behandlung von Millionen von HIV/AIDS- und Tuberkulose (TB)-Patienten in den Entwicklungsländern eingesetzt. Sein Hauptziel ist es, Software für die Gesundheitsversorgung in Entwicklungsländern zu entwickeln. Es ermöglicht den Austausch von Patientendaten mit anderen medizinischen Informationssystemen. Sie ist in Java geschrieben und bietet ein benutzerfreundliches Web-Dashboard zur Verwaltung elektronischer Krankenakten über den Webbrowser.

In diesem Beitrag zeigen wir dir, wie du OpenMRS Medical Record System unter Debian 11 installierst.

Voraussetzungen

  • Ein Server, auf dem Debian 11 läuft.
  • Ein Root-Passwort ist auf dem Server eingerichtet.

Installiere Java 8

OpenMRS ist eine Java-basierte Anwendung und unterstützt nur die Java-Version 8. Daher musst du Java 8 auf deinem Server installieren. Standardmäßig ist Java 8 nicht im Standard-Repository von Debian 11 enthalten. Du musst es also von der offiziellen Website herunterladen und installieren.

Erstelle zunächst mit dem folgenden Befehl ein Verzeichnis für Java:

mkdir -p /usr/lib/jvm/

Als Nächstes entpackst du die heruntergeladene Java-Quelldatei mit dem folgenden Befehl:

tar -zxvf jdk-8u281-linux-x64.tar.gz -C /usr/lib/jvm/

Als Nächstes installierst du Java 8 mit folgendem Befehl:

update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk1.8.*/bin/java 1

Sobald Java installiert ist, überprüfe die Java-Version mit dem folgenden Befehl:

java -version

Du erhältst die folgende Ausgabe:

java version "1.8.0_281"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_281-b09)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.281-b09, mixed mode)

MySQL Server 5.6 installieren

OpenMRS unterstützt nur die MySQL-Version 5.6. Standardmäßig ist MySQL 5.6 nicht im Standard-Repository von Debian 11 verfügbar. Du musst sie also von der Quelle aus installieren.

Erstelle zunächst mit dem folgenden Befehl einen Benutzer und eine Gruppe für MySQL:

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Als Nächstes lädst du den Quellcode von MySQL 5.6 mit dem folgenden Befehl herunter:

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Sobald MySQL heruntergeladen ist, entpacke es mit dem folgenden Befehl:

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Verschiebe das entpackte Verzeichnis mit folgendem Befehl nach /usr/local:

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Navigiere dann zum Verzeichnis /usr/local und setze mit folgendem Befehl die korrekten Eigentumsrechte:

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Als Nächstes installierst du die erforderlichen Abhängigkeiten mit folgendem Befehl:

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Als Nächstes installierst du MySQL mit dem folgenden Befehl:

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Du erhältst die folgende Ausgabe:

You can start the MySQL daemon with:

  cd . ; ./bin/mysqld_safe &

You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl

  cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl

Please report any problems at http://bugs.mysql.com/

The latest information about MySQL is available on the web at

  http://www.mysql.com

Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com

New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Als Nächstes musst du die Eigentumsrechte für das MySQL-Verzeichnis und das Datenverzeichnis festlegen:

chown -R root .
chown -R mysql data

Als Nächstes kopierst du die MySQL-Konfigurationsdatei und die Servicedatei:

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Starte als Nächstes den MySQL-Dienst im abgesicherten Modus:

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Als Nächstes legst du das MySQL-Root-Passwort mit folgendem Befehl fest:

bin/mysqladmin -u root password newpassword

Als Nächstes erstellst du einen symbolischen Link der MySQL-Binärdatei mit folgendem Befehl:

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Zum Schluss startest du deinen Server mit dem folgenden Befehl neu:

reboot

Nach dem Neustart des Systems startest du den MySQL-Dienst und aktivierst ihn so, dass er beim Neustart des Systems gestartet wird:

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Du kannst den Status des MySQL-Dienstes auch mit dem folgenden Befehl überprüfen:

/etc/init.d/mysql.server status

Du erhältst die folgende Ausgabe:

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL
     Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:35:35 UTC; 5s ago
       Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
    Process: 415 ExecStart=/etc/init.d/mysql.server start (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Tasks: 22 (limit: 4679)
     Memory: 460.5M
        CPU: 826ms
     CGroup: /system.slice/mysql.server.service
             ??422 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/debian11.pid
             ??530 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/p…

Mar 25 14:35:34 debian11 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Mar 25 14:35:34 debian11 mysql.server[415]: Starting MySQL
Mar 25 14:35:35 debian11 mysql.server[415]: ..
Mar 25 14:35:35 debian11 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Wenn du damit fertig bist, kannst du mit dem nächsten Schritt fortfahren.

Tomcat 7 installieren

Als Nächstes musst du Tomcat installieren, um OpenMRS einzusetzen.

Erstelle zunächst mit dem folgenden Befehl einen Benutzer und eine Gruppe für Tomcat:

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Als Nächstes lädst du Tomcat 7 mit dem folgenden Befehl herunter:

wget https://archive.apache.org/dist/tomcat/tomcat-7/v7.0.109/bin/apache-tomcat-7.0.109.tar.gz

Erstelle dann ein Verzeichnis für Tomcat und entpacke die heruntergeladene Datei in das Verzeichnis /opt/tomcat:

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-7.0.109.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Als Nächstes navigierst du zum Verzeichnis /opt/tomcat und legst die richtigen Rechte und Eigentümer fest:

cd /opt/tomcat
chgrp -R tomcat /opt/tomcat
chmod -R g+r conf
chmod g+x conf
chown -R tomcat webapps/ work/ temp/ logs/

Wenn du damit fertig bist, kannst du mit dem nächsten Schritt fortfahren.

Eine Systemd-Dienstdatei für Tomcat erstellen

Als Nächstes musst du eine systemd-Dienstdatei erstellen, um den Tomcat-Dienst zu verwalten. Du kannst sie mit dem folgenden Befehl erstellen:

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Füge die folgenden Zeilen ein:

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Speichere und schließe die Datei und lade dann den systemd-Daemon neu, um die Änderungen zu übernehmen:

systemctl daemon-reload

Starte dann den Tomcat-Dienst mit dem folgenden Befehl:

systemctl start tomcat

Du kannst nun den Status des Tomcat-Dienstes mit folgendem Befehl überprüfen:

systemctl status tomcat

Du erhältst die folgende Ausgabe:

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:38:45 UTC; 5s ago
    Process: 648 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 655 (java)
      Tasks: 28 (limit: 4679)
     Memory: 136.3M
        CPU: 4.124s
     CGroup: /system.slice/tomcat.service
             ??655 /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.logging>

Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Mar 25 14:38:45 debian11 startup.sh[648]: Tomcat started.
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

Jetzt ist Tomcat gestartet und lauscht auf Port 8080.

OpenMRS installieren

Erstelle zunächst ein Verzeichnis für OpenMRS und lege mit folgendem Befehl die richtigen Eigentümer fest:

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Als Nächstes lädst du die neueste Version von OpenMRS mit folgendem Befehl herunter:

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.0/openmrs.war

Sobald der Download abgeschlossen ist, kopierst du die heruntergeladene Datei in das Tomcat webapps Verzeichnis:

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Als Nächstes änderst du die Eigentumsrechte an der Datei openmrs.war auf tomcat:

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Sobald du damit fertig bist, kannst du mit dem nächsten Schritt fortfahren.

Zugriff auf den OpenMRS-Installationsassistenten

Öffne deinen Webbrowser und rufe den OpenMRS-Webinstallationsassistenten über die URL http://your-server-ip:8080/openmrs auf. Du solltest den Bildschirm zur Auswahl der OpenMRS-Sprache sehen:

OpenMRS Installationsassistent

Wähle deine Sprache aus und klicke auf die Schaltfläche =>. Du solltest den Bildschirm „Installationsart“ sehen.

Installation Type

Wähle die gewünschte Installationsart und klicke auf die => Schaltfläche. Du solltest den folgenden Bildschirm sehen:

Ein Passwort festlegen

Gib dein MySQL-Root-Passwort ein, notiere dir das Admin-Passwort und klicke auf die Schaltfläche =>. Du solltest den folgenden Bildschirm sehen:

Bestätige die Installationsparameter

Umsetzung

Klicke auf den => Button, um eine Datenbank für OpenMRS zu erstellen und die Installation abzuschließen.

Öffne nun deinen Webbrowser und rufe die OpenMRS-Administrationsoberfläche über die URL http://your-server-ip:8080/openmrs auf. Du solltest den OpenMRS-Anmeldebildschirm sehen:

OpenMRS Anmeldung

Gib den Standard-Benutzernamen admin und das Passwort Admin123 ein und klicke dann auf die Schaltfläche LOG IN. Auf dem folgenden Bildschirm solltest du das OpenMRS-Dashboard sehen:

OpenMRS Dashboard

Fazit

Glückwunsch! Du hast OpenMRS erfolgreich auf Debian 11 installiert. Jetzt kannst du elektronische Krankenakten ganz einfach über einen Webbrowser speichern und verwalten. Wenn du noch Fragen hast, kannst du dich gerne an mich wenden.

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